1. "Time flies." の意味
"time flies（タイム・フライズ）" の意味は次の２つです：
- 光陰矢の如し（時の流れは速いものだ）
- 時間バエ
2. 解説
上記の２つの意味を説明します。
2.1. 光陰矢の如し
"Time flies." は一般的には、こちらの意味です。
この意味の "Time flies." は文です（大文字で始まりピリオドなどで終わる）。 この場合の "Time" と "flies" の意味と役割は次の通り：- Time ・・・「時間」を意味する名詞。 "Time flies." の主語。
- flies ・・・「飛ぶ」を意味する動詞 "fly" の三人称単数現在形。
My! My! Time flies!
おやまあ、時の流れは速いものだねえ！
＃ 飛んで行くかのように素早く、時が経ちます。
関連フレーズ "Tempus Fugit"
"Time flies." はラテン語の格言 "Tempus Fugit" に相当する英語です。
ですが、英語の "Time flies." は必ずしもラテン語の格言の英訳ではないでしょう（英語で独自に発生した "Time flies." もあるはず）。
"Tempus Fugit" の直訳は「時が逃げる」。 意味は次の２つ：
- 時の流れは速いものだ
- 時の流れは速い（だから、怠けるな/くだらないことに時間を使うな）
英語の "Time flies." は、2. の意味にはあまり用いられません。
1. の意味での用例
Seems like yesterday, but then as they say, tempus fugit!
まるで昨日のことのよう。 だが世の人が言うように、光陰矢の如し（時の流れは速いものだ）！
＃ 英語の文中にラテン語の格言 "tempus fugit" が用いられる例です。 日本語の文中に中国由来の故事成語が用いられるのと同じ感覚です。
2.2. 時間バエ
「時間バエ」の意味の "time flies" は文ではなく名詞句です。 この場合の "time" と "flies" の意味と役割は次の通り：
- time ・・・「時間」を意味する名詞。 形容詞的に用いられ、名詞 "flies" を修飾する。
- flies ・・・「ハエ」を意味する名詞 "fly" の複数形。
Time flies fly fast.
"time flies" は一般的には「時間バエ」の意味に受け取られません。 そういう生物が実在しないからです。 文法の理論的に "time flies" を「時間バエたち」の意味にも理解できるというだけです。
時間バエは速い速度で飛ぶ。
＃ "files" は「ハエたち」を意味する名詞。 "fly" は動詞。
ＳＦ小説なら "time flies" を「時間バエ」の意味で使うこともあるでしょう。