"let it fly"
"let it fly" は「それを飛ばせてあげよう」という意味です。
解説
"fly" は「飛ぶ」という意味です。
"let" は "make" などと同じ使役動詞で「～させる」という意味を持ちます。 ただし "make" と違って、「無理に～させる」というのではなく「～したがっているのを、そうさせてやる」という意味になります。
したがって "let it fly" は、「それ（it）が飛びたがっているのを飛ばせてあげましょう」という意味になります。
"it" は何を指す？
"it" が何を指すのかは文脈により異なりますが、例えば "let it fly" の付近に "I'm going to let my love fly, fly to you.（この愛をあなたの元へと飛び立たせてあげましょう）" というような表現が存在する場合、"it" は "love" を意味します。
また、「譲れない想いは全部 Let it fly」というような表現の場合、"it" は「譲れない想い」をさします。